ปลาหมึกเค็มเป็นอาหารหมักดองแบบดั้งเดิมของญี่ปุ่น มีความเค็มและอูมามิเข้มข้น มีเนื้อสัมผัสเหนียว และรสชาติเฉพาะตัว คนญี่ปุ่นกินเป็นอาหารเรียกน้ำย่อยและกับข้าว
วิธีที่นิยมในการเตรียมปลาหมึกเค็ม: หั่นปลาหมึกเป็นชิ้นกลมๆ โดยที่ยังลอกหนังอยู่ ใส่เครื่องในและเกลือ 10~20% ผสมให้เข้ากัน ปิดฝาในภาชนะและเก็บไว้ที่อุณหภูมิห้องประมาณหนึ่งเดือนเพื่อหมัก เอ็นไซม์ในกรดอะมิโนอัตโนมัติ (หมัก) และเพิ่มกรดอะมิโนอิสระจึงทำให้อร่อย ด้วยความเค็มสูงเช่นนี้ เอ็นไซม์จะทำงานและทำการย่อยอัตโนมัติล่วงหน้า

นอกจากนี้ ด้วยความเค็มสูง จึงป้องกันการสลายตัวได้แม้ที่อุณหภูมิห้อง แนวโน้มล่าสุดซึ่งต้องการความเค็มน้อยกว่า ทำให้ผู้ผลิตปรับเปลี่ยนการทำงานของน้ำและอื่นๆ และเก็บไว้ในห้องเย็นเพื่อลดความเสี่ยงของการสลายตัว

การเปลี่ยนแปลงปริมาณกรดอะมิโนอิสระในการหมักปลาหมึกเค็มแสดงในกราฟ